일본어는 왜 한자를 읽는 방법이 가지각색입니까?

예를들어 어제는 「作日」, 오늘은 「今日」, 내일은 「明日」이라고 쓰던데 여기에서 쓰여진 「日」 읽는 방법이 딱 하나로 고정이 된 것이 아니고
作日 - きのう
今日 - きょう
明日 - あした
이렇게 가지각색이네요. 찾아보니깐 음독「にち, じつ」 훈독「ひ, か」이 이렇던데, 왜 저러한 음독, 훈독과는 무관하게 단어를 읽는 것인가요? 영어나 한글 혹은 중국어, 아랍어 등과 같이 그냥 눈에 그대로 보이는 단어를 단어에 맞게 소리가 나는대로 읽는 것이 아니고 불규칙적으로 그때 그때 다른 것이라는 의미가 되는데 왜 그런 것입니까? 도무지 이해가 안가네요.